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代谢组学主要研究的是作为各种代谢路径的底物和产物的小分子代谢物（MW〈1000），主要是尿液、血浆或血清、唾液以及细胞和组织的提取液。

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代谢组学通过考察生物体系（细胞、组织或生物体）受刺激或扰动后（如将某个特定的基因变异或环境变化后），其代谢产物的变化或其随时间的变化，来研究生物体系的一门科学。

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