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DNA的甲基化是指CpG序列的胞嘧啶转变为5'甲基胞嘧啶，这种修饰并未改变基因序列，但使基因表达水平改变，目前甲基化分析主要基于3种方法：PCR技术，限制性内切酶与重亚硫酸盐修饰法。

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目前aCGH已经广泛应用于研究肿瘤发生过程中伴随的基因变化，如染色体的畸变等； 通过研究基因拷贝数目的变化，寻找新的原癌基因或抑癌基因； 揭示生物体抗药性的机制及代谢过程中可能发生的基因组变化

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